กระทรวงศึกษาธิการ ได้ดําเนินการในการจัดการศึกษาพิเศษให้กับบุคคลที่มีความบกพร่องทางสติปัญญาในแนวทางต่างๆ ดังนี้
การจัดตั้งโรงเรียนการศึกษาพิเศษ จากการสํารวจของสํานักงานสถิติแห่งชาติ พ.ศ. 2499 ได้พบว่ามีบุคคลปัญญาอ่อนในประเทศไทย ราว 25,000 คน กรมการแพทย์กระทรวงสาธารณะสุขในขณะนั้น จึงได้ดําเนินการจัดการบริการในสาขานี้ขึ้น และได้รับอนุมัติให้จัดดําเนินการเปิดโรงพยาบาลสําหรับบุคคลปัญญาอ่อน ที่ถนนดินแดง พญาไท ได้ในปี พ.ศ. 2503 โดยมีนายแพทย์รสชง ทัศนาญชลี เป็นผู้อํานวยการคนแรก จากการนําเด็กมาให้การดูแลรักษา และมีความคิดเห็นว่าเด็กเหล่านี้ควรได้รับการเพิ่มพูนสมรรถภาพทางการศึกษาด้วย จึงได้จัดเป็นชั้นเรียนภายในโรงพยาบาล โดยให้การศึกษาอบรมตามหลักวิชา เพื่อให้เด็กช่วยเหลือตนเองในชีวิตประจําวันได้ และมีการฝึกฝนอาชีพแบบต่างๆ ให้ด้วย
ต่อมาทางโรงพยาบาลได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากพระบาทสมเด็จพระจ้าอยู่หัวโปรดกล้าฯ พระราชทานเงินสร้างอาคารเรียนสําหรับเด็กปัญญาอ่อนขึ้น และพระราชทานนามว่า “โรงเรียนราชานุกูล” ต่อมาชื่อโรงพยาบาลก็เปลี่ยนเป็นโรงพยาบาลราชานุกูลด้วย
ในปี พ.ศ. 2509 ได้เปิดอาคารดรุณวัฒนาเพิ่มขึ้นสําหรับเด็กปัญญาอ่อนขั้นปฐมวัย
ในปี พ.ศ. 2519 มูลนิธิช่วยคนปัญญาอ่อนในพระบรมราชินูปถัมภ์ ได้ก่อตั้งโรงเรียนปัญญาอ่อนขึ้นอีกแห่งหนึ่งที่ถนนประชาชื่น เขตบางเขน และได้รับพระราชทานนามว่า ”โรงเรียนปัญญาวุฒิกร” และเปิดโรงงานในอารักษ์สําหรับฝึกอาชีพให้แก่บุคคลปัญญาอ่อนวัยรุ่นเพิ่มขึ้น
ในปี 2521 มีโครงการประภาคารปัญญาที่ตลิ่งชัน ศูนย์พัฒนาเด็กปัญญาอ่อน ที่วัดม่วงแค และศูนย์พัฒนาเด็กปัญญาอ่อนก่อนวัยเรียนคลองเตย
สําหรับเด็กเรียนช้านั้น กรมสามัญศึกษา ได้เริ่มทดลองโครงการในปี พ .ศ. 2497 ที่โรงเรียนวัดชนะสงคราม โรงเรียนพญาไท โรงเรียนวัดนิมมานรดี และโรงเรียนวัดหนัง หลังจากนั้นกองการศึกษาพิเศษ กรมสามัญศึกษา จึงได้เริ่มโครงการเรียนช้าขึ้นอีกหลายโรงเรียนในระยะต่อมา และเปิดสอนเด็กที่บกพร่องทางสติปัญญาเรียนร่วมชั้นกับเด็กปกติในเวลาต่อมา
ในปี 2523 จังหวัดทหารบกเชียงใหม่ได้โอนโรงเรียนจังหวัดทหารบกกาวิละวิทยาให้ กองการศึกษาพิเศษ กรมสามัญศึกษา จัดการศึกษาสําหรับเด็กปัญญาอ่อน ชื่อโรงเรียนกาวิละอนุกูล
กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศจัดตั้งศูนย์การศึกษาพิเศษประจําเขตการศึกษา และศูนย์การศึกษาพิเศษประจําจังหวัด ครบทุกจังหวัดเพื่อให้การช่วยเหลือระยะแรกเริ่ม และเตรียมความพร้อมของคนพิการ รวมทั้งสนับสนุนการเรียนการสอน การจัดสื่อ การจัดสิ่งอํานวยความสะดวก การให้บริการและความช่วยเหลือที่เกี่ยวข้อง ทําการวิจัยและอบรมบุคลากร รวมถึงการจัดครูเดินสอนแก่คนพิการและสถานศึกษาครบทั้ง 76 จังหวัด (ราชกิจจานุเบกษา 2547) และมีการจัดตั้งโรงเรียนการศึกษาพิเศษ จํานวน 43 โรงเรียน
ในปี พ.ศ. 2547 นายอดิศัย โพธารามิก ได้ออกประกาศกระทรวงศึกษาธิการเปลี่ยนชื่อโรงเรียนการศึกษาพิเศษ สังกัดสํานักบริหารงานการศึกษาพิเศษ เพื่อให้เกิดความชัดเจนในภารกิจในการจัดการเรียนการสอนสําหรับนักเรียนที่มีความบกพร่องทางสติปัญญา 19 โรงเรียน แต่ใช้ชื่อเดิม 2 โรงเรียน คือ กาวิละอนุกูล และสงขลาพัฒนาปัญญา ทําให้มีโรงเรียนที่จัดการเรียนการสอนนักเรียนที่มีความบกพร่องทางสติปัญญา ทั่วประเทศจํานวน 19 โรงเรียน
1. โรงเรียนเชียงรายปัญญานุกูล จังหวัดเชียงราย
2. โรงเรียนกาวิละนุกูล จังหวัดเชียงใหม่
3. โรงเรียนน่านปัญญานุกูล จังหวัดน่าน
4. โรงเรียนแพร่ปัญญานุกูล จังหวัดแพร่
5. โรงเรียนพิษณุโลกปัญญานุกูล จังหวัดพิษณุโลก
6. โรงเรียนพิจิตรปัญญานุกูล จังหวัดพิจิตร
7. โรงเรียนนครสวรรค์ปัญญานุกูล จังหวัดนครสวรรค์
8. โรงเรียนนครราชสีมาปัญญานุกูล จังหวัดนครราชสีมา
9. โรงเรียนอุบลปัญญานุกูล จังหวัดอุบลราชธานี
10. โรงเรียนกาฬสินธุ์ปัญญานุกูล จังหวัดกาฬสินธุ์
11. โรงเรียนฉะเชิงเทราปัญญานุกูล จังหวัดฉะเชิงเทรา
12. โรงเรียนระยองปัญญานุกูล จังหวัดระยอง
13. โรงเรียนสุพรรณบุรีปัญญานุกูล จังหวัดสุพรรณบุรี
14. โรงเรียนเพชรบุรีปัญญานุกูล จังหวัดเพชรบุรี
15. โรงเรียนชุมพรปัญญานุกูล จังหวัดชุมพร
16. โรงเรียนภูเก็ตปัญญานุกูล จังหวัดภูเก็ต
17. โรงเรียนนครศรีธรรมราชปัญญานุกูล จังหวัดนครศรีธรรมราช
18. โรงเรียนสงขลาพัฒนาปัญญา